Chercheur.e en écologie microbienne des sols tropicaux

Description de la future affectation

Domaine

Science - Sciences biologiques

Type de contrat

CDI

Intitulé

Chercheur.e en écologie microbienne des sols tropicaux

Date de début

01/04/2021

Description du poste / de la mission

L'intensification des systèmes agricoles par le recyclage des déchets organiques est un enjeu majeur pour augmenter la production alimentaire mondiale tout en préservant l'environnement. Ces déchets organiques apportent au sol une importante diversité d'éléments et de substances, tels que des nutriments, du carbone mais aussi des contaminants (chimiques et biologiques). Ces apports modifient le fonctionnement du microbiome du sol, et influencent les fonctions et services écosystémiques assurés par les sols cultivés. Ces perturbations peuvent être positives (e.g. augmentation de la croissance et de la diversité fonctionnelle du microbiote) ou négatives (e.g. apports de populations microbiennes pathogènes, effet toxique sur le microbiome du sol, induction de nouvelles résistances). Elles posent donc la question de la résilience du microbiome du sol en réaction à l'épandage répété de déchets organiques, avec une perturbation chronique mais faible à étudier sur le long terme. Cette résilience englobe les fonctions assurées par ce microbiome comme celles liées aux cycles du carbone et des principaux nutriments (dont l'azote), et les fonctions non agronomiques de dégradation des contaminants organiques ou de mitigation de leur impact.
Dans les systèmes tropicaux gérés intensivement, le recyclage agricole des déchets organiques est une pratique fréquente et récurrente. Mais comment affecte-t-elle la résilience du microbiome du sol ? S'appuyant sur une diversité de contextes pédologiques, agronomiques et d'usages de résidus organiques, vous chercherez à établir des liens causaux entre (changements de) communautés microbiennes, traits écologiques et fonctions écosystémiques.
Basé.e à Dakar (Sénégal), et affecté.e au sein de l'unité « Recyclage et Risque », vous aurez initialement pour objectif de caractériser les relations entre déchet organique et microbiote du sol au sein d'essais et d'observatoires bien documentés.
Vous vous appuierez pour réaliser ces caractérisations sur des indicateurs (GIR, PNR…) et des analyses courantes et peu coûteuses (ARN16S, PLFA…) associées à de la microbiologie moléculaire (génomique fonctionnelle et métagénomique).
Vous identifierez ensuite des situations réelles au sein desquelles des expérimentations couplant des approches de terrain et de laboratoire éclaireront la dynamique du microbiome et sa relation avec l'écodynamique des contaminants. Vous mobiliserez alors prioritairement des approches de NGS (Next Generation Sequencing).
Vous exploiterez ces données en utilisant des outils de bio-informatique et des bases de données existantes (séquences d'organismes connus ou similaires)
Vous aurez accès à des plateformes analytiques au sein du Cirad et dans le cadre de votre expatriation sur un terrain du Sud.
Vous consoliderez un réseau professionnel et renforcerez les collaborations avec nos partenaires scientifiques dans ce domaine (e.g. les UMR Agroécologie Dijon, Écologie microbienne Lyon, lLEMIRE du BIAM,…).

Profil souhaité

Vous disposez d'un doctorat en écologie microbienne, microbiologie ou dans un domaine très proche, avec une formation complémentaire en bio-informatique.
Vous connaissez parfaitement, et êtes capable d'utiliser, les techniques de biologie moléculaire (e.g. génomique fonctionnelle et métagénomique, Next Generation Sequencing) qui permettent aujourd'hui de travailler à l'échelle du microbiome sur l'inventaire et la diversité taxonomique des communautés microbiennes du sol. Vous êtes capable de réaliser ces analyses et de les comparer par des techniques bioinformatiques à l'aide des bases de données de séquences d'organismes connus ou similaires.
Votre expérience de recherche en microbiologie concerne les fonctions et services écosystémiques assurés par les sols cultivés ou l'évaluation des effets toxiques des contaminants sur les communautés microbiennes.
Votre réseau scientifique national et international présente une plus-value pertinente pour traiter les problématiques et les recherches que vous mènerez dans notre unité.
Vous faites preuve d'une forte aptitude au travail en équipe et en réseau. Vous aurez en effet à collaborer avec une grande partie des chercheurs de l'unité, mais vous interagirez aussi avec d'autres chercheurs d'unités partenaires qui traitent en partie ces questions scientifiques, en particulier au sein de l'INRAE et de l'IRD.
Vous avez une bonne maîtrise de l'anglais à l'oral et à l'écrit.
Vous êtes fortement attiré.e par le travail en expatriation, particulièrement en pays du Sud.

Contraintes du poste

Travail en zone tropicale / humide / subtropicale
Travail sur écran + 4 h
Déplacements France et Etranger fréquents

Poste ouvert aux

Cadre

Salaire base France, hors indemnités d'expatriation le cas échéant

27-37 K€

Localisation du poste

Sénégal

Précision sur la localisation (DR, ville)

Après une période d'intégration de plusieurs mois sur le site de  Montpellier, vous serez affecté.e à Dakar (Sénégal)

Description complémentaire de la future affectation

Lieu de rattachement

Métropole

Demandeur

Renseignements sur le poste - Prénom

Frédéric

Renseignements sur le poste - Nom

FEDER

Renseignements sur le poste - Email

frederic.feder@cirad.fr

Département / Unité (affectation future)

Le Cirad (Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement) produit et transmet de nouvelles connaissances pour accompagner l'innovation et le développement agricole dans les pays du Sud avec ses partenaires.

Il a pour objectif prioritaire de bâtir une agriculture durable des régions tropicales et méditerranéennes, adaptée aux changements climatiques, capable de nourrir 10 milliards d'êtres humains en 2050, tout en préservant l'environnement.  

Pour postuler :

https://cirad-recrute.talent-soft.com/offre-de-emploi/emploi-chercheur-e-en-ecologie-microbienne-des-sols-tropicaux_4317.aspx

Référence :  P-PERSYST-R&R-2020-12-CDI-4317  

Date de fin de diffusion

21/01/2021